Masalah utama tanaman bawang merah adalah serangan teruk oleh kulat Altenaria porri (penyakit tompok unggu) yang menyebabkan pokok boleh mati dan perlu dikawal dengan racun kimia seperti Dithane. Serangan reput pangkal oleh kulat Fusarium oxysporium juga berlaku pada semua peringkat dan perlu dikawal dengan amalan penggiliran tanaman atau menggunakan varieti rintang. Terdapat juga penyakit bintik daun yang disebabkan oleh Stemphyllium botryosum dan serangan ini boleh dikawal dengan racun kimia jenis carbamate. Penyakit lain ialah penyakit antraknos (Collectotricum cicirnans), penyakit kulapuk hitam (Aspegillus niger) dan Penyakit terbakar pucuk (Botrytis squamosa).

Terdapat banyak serangga perosak yang juga meminati bawang besar seperti ulat ratus (Spodoptera exigua) yang makan daun bawang dan juga serangan kutu (Thrips spp) yang merosakan daun. Virus juga menyerang bawang iaitu serangan 'bantut kuning bawang' iaitu menjadikan pokok terbantut dan penyakit kuning tapak sulaiman sering berlaku. Selepas dituai bawang besar juga diserang bakteria iaitu jenis Pseudomonas aeruginosa dan Ervinia carotovora yang menyebabkan kerugian semasa penyimpanan di stor. Nematod (Melodoigyne spp.) juga menyebabkan kerosakan akar yang menjejaskan hasil jika penggiliran tanaman tidak dijalanan. Disebabkan itu petani di Malaysia tak gemar tanam bawang besar.